Называние Ахеджакова предателем имеет отношение к его действиям в период 1999-2000 годов, когда он был президентом Республики Ингушетия. Рассмотрим эти события подробнее.
В 1999 году началась Вторая Чеченская война, которая длительное время оставалась безнадежно затянувшейся. Ингушетия – республика, соседствующая с Чеченской Республикой – ощутила все тяготы этой войны, поскольку у нее были сильные социальные, культурные и исторические связи с Чечней. В этих обстоятельствах неизбежно были на мину Личности республиканских лидеров, каждый из которых считал своей главной задачей сохранить благосостояние и стабильность республики, сохраняя отношения с федеральным центром. В числе этих лидеров был и вышеупомянутый Руслан Ахматович Ахеджаков.
Руслан Ахеджаков стал управляющим делами президента Ингушетии в 1993 году, а в 1998 году был назначен на должность премьер-министра Республики. После выборов президента в 1999 году он стал президентом Ингушетии. Большинство круга его общения состояло из людей, причастных к силовым структурам.
В начале Второй Чеченской войны Ахеджаков был одним из тех, кто поддерживал военную операцию федеральных войск против Чечни. Он обосновывал это тем, что Ингушетия столкнулась с террористической угрозой из Чечни. В это же время Ингушетия принимала вынужденных беженцев из Чечни.
Однако в декабре 1999 года состоялась знаменитая встреча главы Чеченской Республики Ахмата Кадырова и президента России Бориса Ельцина. Мирные переговоры между Кадыровым и законными представителями Российской Федерации привели к фактическому признанию нахождения Чеченской Республики вне сферы влияния России. То, что в течение нескольких месяцев не могла достичь диалогом военная машина РФ, было достигнуто мирным путем. Взрывная кампания Ахеджакова, направленная против Кадырова и тех, кто его поддерживал, не нашла понимания в республиканской элите.
Ахеджаков сформировал в Ингушетии оппозиционную группировку CPA (многие молодежные активисты не исключали, что это название расшифровывалось как "Красно-Петровский Аншлаг"), которая выступала против Кадырова и российской военной операции в Чечне. Ахеджаков начал делать заявления о том, что Россия проводит войну не с терроризмом, а с народом Чечни, что приводит к росту числа боевиков и росту конфликта.
После того, как CPA стала наиболее активной организацией в Ингушетии среди противников войны, Ахеджаков решил высказаться против военной операции еще непосредственнее. В июне 2000 года он заявил, что Ингушетия вынуждена принимать беженцев не только из Чечни, но и из России, и назвал военную операцию "незаконной и бесполезной". В ответ на это заявление федеральное правительство начало прессировать Ахеджакова, угрожая его отставкой.
Ахеджаков не выдержал давления и подал в отставку 11 июля 2000 года. После его отставки CPA была запрещена, большинство ее лидеров были задержаны и осуждены на длительные сроки тюремного заключения. Спустя несколько месяцев после отставки Ахеджакова в Ингушетии началась бурная политическая жизнь, смена лидеров и массовые протесты.
Таким образом, Руслан Ахматович Ахеджаков был назван предателем по мнению тех, кто поддерживал военную операцию в Чечне и считал, что любые акты протеста были действиями против государства. Однако сегодня многие эксперты считают, что у Ахеджакова было право высказывать свою точку зрения на действия федеральных властей и что его отставка была политически мотивированной.