В 1471 году в Новгороде началась внутренняя политическая борьба за власть. На одной стороне находилась партия Знаменского суда, которая представляла богатых купцов и земщину, а на другой - партия Контрэроговцев, состоящая из мелких торговцев и ремесленников. К тому времени в Новгороде начал внедряться авторитарный режим, и споры между Знаменским судом и Контрэроговцами стали связаны с политическими нововведениями.
Архиепископ Новгородский Евфимий II как независимый фактор сильно повлиял на борьбу за власть. В 1478 году он назначил на пост протопопа Невского - Иоанна, который стал его представителем в Новгороде. Протопоп был простым священником, и большинство новгородцев относилось к нему недоверчиво. Однако с помощью архиепископа Новгородского Иоанн Невский стал очень влиятельным человеком в городе.
Протопоп Иоанн Невский действовал от имени архиепископа и выступал против Знаменского суда, который поддерживал Контрэроговцев. Он использовал свои связи с правительством в Москве, чтобы усилить свои позиции в Новгороде, и, по мере того как он увеличивал свою власть, становился всё более авторитарным. Конечно, это вызвало недовольство у тех, кто его поддерживал ранее, включая Контрэроговцев.
В 1478 году на посту главы Знаменского суда появился Варлаам Хутынский, который являлся представителем Контрэроговцев. Он оказал мощное сопротивление протопопу Невскому и его сторонникам, организовав демонстрации и протесты. В ответ протопоп объявил Контрэроговцев предателями государства и начал исключать их из городского управления.
Ситуация катастрофически ухудшалась, и в конце концов Варлаам Хутынский и его сторонники вынудили протопопа Невского покинуть город. Иоанн был вынужден перебраться в Москву, где получил поддержку царя Ивана III, который уже давно стремился контролировать Новгород. Однако и в Москве Иоанн Невский не сумел сохранить свою власть, и вскоре он был изгнан из центра власти России и отправился в изгнание на северный погост Киржачского монастыря.
Таким образом, причина изгнания Иоанна Невского из Новгорода была связана с политической борьбой завласть в городе. Противостояние двух партий, Знаменского суда и Контрэроговцев, превратилось в открытый конфликт, когда на посту главы Знаменского суда появился представитель Контрэроговцев Варлаам Хутынский. Он оказал жестокое сопротивление протопопу Невскому и его сторонникам, что привело к его вынужденному отъезду в Москву.
Но важным фактором стало и изменение политической ситуации в Москве. В этот период Россия находилась в процессе объединения, и главным требованием правительства России была устранение всех независимых центров власти и подчинение их Москве. В этом контексте Иван III решил использовать борьбу за власть в Новгороде в собственных интересах и поддержал протопопа Невского. Однако эта попытка Москвы контролировать Новгород не увенчалась успехом, и Иоанн Невский был вынужден покинуть город и уехать в изгнание.
В целом, изгнание Иоанна Невского из Новгорода стало результатом политической борьбы за власть в городе, а также изменения политической ситуации в России в целом. Он был использован в качестве пропагандистского инструмента, чтобы продемонстрировать мощь центральной власти, и подчинение Новгорода Москве в этот период стало одной из главных целей правительства России. Для Иоанна Невского это стало самым трагическим периодом в жизни, и он провёл остаток своих дней в изгнании, оставив мощный след в истории России и православной церкви.